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Führt man das compare beim Database Analyser im TYPO3 Install Tool aus, könnten diese Zeilen erscheinen.
# ALTER TABLE cache_hash ENGINE=InnoDB;
Current value: ENGINE=MyISAM
# ALTER TABLE cachingframework_cache_hash ENGINE=InnoDB;
Current value: ENGINE=MyISAM
# ALTER TABLE cachingframework_cache_hash_tags ENGINE=InnoDB;
Current value: ENGINE=MyISAM
# ALTER TABLE cache_imagesizes ENGINE=InnoDB;
Current value: ENGINE=MyISAM
# ALTER TABLE sys_log ENGINE=InnoDB;
Current value: ENGINE=MyISAM
# ALTER TABLE cache_pages ENGINE=InnoDB;
Current value: ENGINE=MyISAM
# ALTER TABLE cache_pagesection ENGINE=InnoDB;
Current value: ENGINE=MyISAM
# ALTER TABLE cachingframework_cache_pages ENGINE=InnoDB;
Current value: ENGINE=MyISAM
[...]

Bleiben diese Zeilen auch nach einem “write to database”, dann liegt das Problem meist darin, dass die Datenbank tatsächlich die InnoDB nicht unterstützt. Dies kann man nochmal überprüfen, indem man sich in PhpMyAdmin einloggt und die genannten Tabellen man überprüft und schaut, ob im DropDown Feld unter Typ kein InnoDB vorhanden ist. Dies war z.B. bei einem kleineren WebPack unter hosteurope der Fall.

Das fehlende Update der Tabellen scheint aber keine Fehler hervorzurufen und kann somit ignoriert werden. Ich vermute, dass dies auch reine Performance Optimierung war.